土壤中的生物种类繁多, 主要有细菌、放线菌、真菌等微生物、藻类、原生动物和线虫等微动物，以及蚯蚓、昆虫、蜘蛛、螨类、千足虫、田鼠等大型动物。大多数情况下土壤生物都处于休眠状态，一旦条件适合就迅速繁殖。土壤微生物和原生动物都生栖在土壤团聚体的孔隙中。90%以上的土壤生物分布在表层土壤中，在根际区域生物的数量要比远离根际区的土壤高许多倍。